Chùa có tên gốc theo chữ Hán là Quảng Triệu Hội Quán（廣肇會館). Tên gọi khác là chùa Minh Hương và chùa Ông.

Sở dĩ có tên Quảng Triệu Hội Quán（廣肇會館；广肇会馆） là vì chùa vốn là hội quán của một nhóm người Hoa Quảng Đông thuộc hai phủ Quảng Châu 廣州 và Triệu Khánh 肇慶 (đều thuộc tỉnh Quảng Đông 廣東, Trung Quốc) theo dòng di dân sang lưu trú ở đất Trấn Giang (tức Cần Thơ xưa) vào thế kỷ 17-18. Tuy nhiên, người dân vẫn quen gọi là Chùa Ông, vì ở chính điện thờ Quan Thánh Đế quân (tức Quan Công)[2].

Chùa được khởi công xây dựng trên phần đất 532m2 vào năm 1894 (năm Quang Tự thứ 20, và là năm Thành Thái thứ 6), đến năm 1896 thì hoàn thành. Và cũng như một số ngôi chùa của người Hoa khác, Chùa Ông không nằm biệt lập mà nằm trong một khu dân cư đông đúc, ngay giữa trung tâm thành phố Cần Thơ, cạnh bến Ninh Kiều.